在本期Cell杂志以及CellReports，CancerCell，CellSystems和Immunity出版的论文中，发表Pan-CancerAtlas系列文章（多达27篇）。泛癌症图谱集是癌症基因组图谱（TCGA）联盟超过十年工作的。通过分析来自33种最常见癌症形式的11,000多种（SnapShot，第530页），该图谱提供了一个独特而全面的，深入而紧密...
为此本论文提出了基因组学分析平台的系统框架构建。通过集成TCGA的体细胞突变、基因表达、DNA化、拷贝数变异和临床数据,以及拓展基因本体(GeneOntology)术语相关数据、人类基因组参考序列(CRCh37)、分子相互作用数据库(EBI-IntAct)等,构建了一个完整的基因组学知识库,为上层提供了数…
本研究整合了TCGA数据库中11种常见癌症类型的miRNA和mRNA表达谱数据(11种癌症分别是膀胱癌、乳腺癌、头颈部鳞癌、肾嫌色细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、胃癌和甲状腺癌),通过生物信息学分析方法,筛选出
Cell重磅：十年塑造TCGA“巅峰之作”，27篇顶级文章绘制“泛癌图谱”.常言道，十年磨一剑。.悠悠十余载，癌症基因组图谱（TCGA）已经完成了33种最常见癌症形式中的11,000多种的基因组学分析，并依此绘制了一份更为全面、深入的泛癌症图谱（Pan-CancerAtlas...
TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称Abbr英文名称中文名称ACCAdrenocorticalcarcinoma肾上腺皮质癌BLCABladderUrothe...TCGA/癌症简称/缩写/TCGA癌症中英文对照TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称
4月5日，国际顶尖学术期刊《细胞》及其子刊公布了“癌症和基因图谱”（TCGA）的“升级版”——泛癌症图谱（PanCancerAtlas）的研究结果，相关结果以27篇高水平论文呈现，美国国家卫生研究院资助的科学家团队完成大规模癌症基因组图谱绘制，他们根据基因变异和表达的相似性，提出可以按…
论文写作丨基于免疫微环境的分子分型轻松发4分+2区SCI大家好！今天跟大家分享的文献是2021年2月发表在MolecularTherapy:Oncolytics（IF=4.115）杂志上的一篇文章。文章对4028例膀胱癌进行分析并构建了一个新的分类器，可以将膀胱癌
TheCancerImmunomeAtlas:免疫图谱数据库.2019-12-18.2019-12-1823:43:14.阅读9930.免疫疗法在多种恶性的临床治疗上取得了显著效果，然而还是存在大部分对于免疫疗法没有响应的问题。.为了更好的理解和免疫细胞相互作用，科学家对来自TCGA和...
泛癌症图谱（Pan-CancerAtlas）作为癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，其目标是整合出不同的TCGA数据，然后对这些数据进行分析和解释。TCGA研究网络的成员上周共发表了29篇论文，最后一批重磅成果是发表在《Cell》杂志上。
使用TCGA数据库获取和正常配对组织的基因数据及miRNA数据。得到3个正常样本和304个CESC样本。分别做临床分析、mRNA差异分析、lncRNA差异分析、miRNA差异分析、生存分析、ceRNA调控网络构建。
每个文章附件都有一百多页,比博士论文还长,但是它们的分析套路其实都一样,都是那几种数据,包括WGS,WES,RNA-Seq,芯片表达量,miRNA表达量,化数据,蛋白数据。分析过程也差不多,无法...
随着二代测序技术的快速发展,数据量不断累积,学家的目光逐渐由多物种测序转移至高通量测序数据的分析和比对.基因数据分析方法层出不穷,高通量的组学分析手段...
全世界无数顶尖学家经过10多年的辛苦工作,于近期公布了TCGA研究的收官之作:“Pan-CancerAtlas”泛癌症图谱。这些研究精华共发表了27篇相关论文,涉及基因组测序,转录组测序,...
大样本、高质量、多层面,这样的数据,无论对于的基础研究还是临床应用来说,无疑都是莫大的福音。TCGA就是这样一个集合了以上所有闪光点的优质数据库。高性价比的套路,比如利用TCG...
通过免疫细胞表达的参考矩阵,我们使用反卷积算法,将我们TCGA的表达矩阵转换为免疫细胞的含量矩阵。得到免疫细胞矩阵以后,我们就可以做各种图形了,比如免疫细胞含量柱状图,免疫细胞热...
日前,美国国立卫生研究院首次发布了“泛癌症图谱”(PanCancerAtlas),并以27篇论文集形式发表在《细胞》。该成果是历经10年完成的癌症基因图谱系统性研究总结,补充了基于TCGA项目发...
由美国发起的癌症基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用数据整合分析方法,...
(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用数据整合分析方法,将人类几乎所有癌...
在本期Cell杂志以及CellReports,CancerCell,CellSystems和Immunity出版的论文中,发表Pan-CancerAtlas系列文章(多达27篇)。泛癌症图谱集是癌症基因组图谱(TCGA)联盟超过十年工作的...
通过免疫细胞表达的参考矩阵,我们使用反卷积算法,将我们TCGA的表达矩阵转换为免疫细胞的含量矩阵。得到免疫细胞矩阵以后,我们就可以做各种图形了,比如免疫细胞...